Секретная штаб-квартира — излюбленное убежище Черепашек-Ниндзя — теперь озвучено более чем 30 различными звуками и фразами, которые сделают игру еще более увлекательной. В обновленной секретной штаб-квартире есть все и даже больше — школа боевых искусств учителя Сплинтера, секретная лаборатория Дона и даже тренировочная площадка с чучелом Шреддера для отработки боевых навыков. Это секретное убежище напичкано разнообразными ловушками, ракетной установкой, потайными ходами и прочими сюрпризами! Более метра в высоту штаб-квартира имеет более 20 различных функций, среди которых потайная стена с пультом управления, качели из покрышки, ракетная установка, тарзанка и другие.