Секретна штаб-квартира — улюблений притулок Черепашок-Ніндзя — тепер озвучено понад 30 різними звуками та фразами, які зроблять гру ще цікавішою. В оновленій секретній штаб-квартирі є все й навіть більше — школа бойових мистецтв вчителя Сплінтера, секретна лабораторія Дона та навіть тренувальний майданчик із панчолом Шреддера для відпрацювання бойових навичок. Це секретний притулок напучкано різноманітними пастками, ракетною установкою, потайними ходами та іншими сюрпризами! Понад метр заввишки штаб-квартира має понад 20 різних функцій, серед яких потайна стіна з пультом керування, гойдалка з покришки, ракетне встановлення, тарзанка та інші.